Az innovációs törvényben rögzített módon a testület teljesen független a Kormánytól, tagjait az MTA elnöke, a HUN-REN elnöke és a kulturális és innovációs miniszter közösen választják meg. A törvény szintén rögzíti, hogy a KKT által meghirdetett kutatási programok költségvetését önálló költségvetési fejezeti kezelésű előirányzat biztosítja az NKFI Alapon belül. Ennek megfelelően az NKFI Alap 2024. évi programstratégiájában önálló soron jelenik meg a KKT által pályázatok formájában meghirdethető, 19 milliárd forintos pénzügyi keretösszeg. A törvény egyértelműen kimondja azt is, hogy a végleges támogatói döntések tekintetében az NKFI Hivatal (amely jogi személyként a szerződések megkötéséért felel) elnöke nem térhet el a KKT döntéseitől.

A KKT által meghirdetett Nemzeti Kutatási Kiválósági Program (NKKP) teljes mértékben a világ legszínvonalasabb kutatástámogatási rendszerének, az ERC mintájára került kialakításra elvárási és értékelési rendszerét tekintve egyaránt. A program keretösszege 13,5 milliárd forintról, 19 milliárd forintra növekedett, az egy projektre elnyerhető támogatások összege pedig 48 millió forintról 100-200 millió forintra, annak érdekében, hogy itthon tudják végezni a legkiválóbb magyar tudósok a kutatásaikat és a magas színvonalú kutatási feltételek miatt ne kelljen külföldre távozniuk, hanem azok itthon is rendelkezésre álljanak számukra.

Az innovációs törvény tehát teljes körű autonómiát biztosít úgy szervezeti, mint pénzügyi és döntési tekintetben a kiválósági alapú kutatási támogatások kidolgozásáért felelős KKT részére, tehát az ebben a formában megfelel a Magyar Tudományos Akadémia javaslatában foglalt kritériumoknak.